A magyar szabadságharc leverése után az ország egész területén bevezetett katonai közigazgatás felszámolta az 1848/49-ben kiformált orvos-egészségügyi igazgatás kereteit, de nem hozta vissza az 1848 tavasza előtti állapotokat. A katonai közigazgatás keretei között kialakított egészségügyi irányítás végső soron a bécsi Belügyminisztérium, illetve a birodalmi Állandó Egészségügyi Bizottság felügyelete alá tartozott. Már 1849 őszén e szervezetek rendelkezéseit hajtották végre a vármegyei és a helyi egészségügyi igazgatás vezetői. Franz Günthler professzor, birodalmi főorvos 1850 nyarán körutat tett Magyarországon, hogy előkészítse a helyi egészségügyi igazgatás és az orvosképzés beillesztését az osztrák birodalom egységes jogrendszerébe.? Az 1852. október 20-án megjelent birodalmi belügyminiszteri rendelet értelmében a polgári egészségügyi közigazgatás mind az öt tartományi helytartósági kerületben szervezett egészségügyi hivatalon keresztül történt, amelyek élén – helytartótanácsosi minőségben – orvostisztviselők álltak. A kerületi egészségügyi hivatalok mellé egészségügyi bizottságokat szerveztek, amelyek tagjainak felét szakemberek (kerületi főorvosok, megyei főorvosok, járási orvosok stb.), katonaorvosok, gyógyszerészek, a másik felét igazgatási tisztviselők alkották. Az egészségügyi közigazgatás keretében szervezett állásokat kinevezéssel töltötték be. A vármegyék – mint a kerületi egészségügyi hivatal alárendelt szervei – orvos-egészségügyi igazgatási apparátusa változatlan maradt, tisztségeit hasonlóan kinevezéssel töltötték be, de kötelező módon bevezették a járási és a községi bába tisztségét. E birodalmi belügyminiszteri rendelet másik lényeges újdonsága, hogy kötelező módon bevezették a kör- és községi orvos tisztséget, amely független volt az adott közigazgatási egység lakosainak számától, 5000 lakosig legalább egy orvost kellett alkalmazni. Meg kell jegyeznünk, hogy sok helyen nem tudták az orvosi állást megfelelő képesítésű szakemberrel betölteni, de ez a rendszer reményt ébresztett a falvak és általában a vidék egészségügyi ellátásának javítására. Az orvostól megkövetelték a német nyelv tökéletes ismeretét, igaz, a fizetésüket alacsony szinten állapították meg.
Jelentős korszerűsítésnek számított, hogy az „emberorvosi” szolgálatról leválasztották az állatorvosi feladatkört, 1853-ban állatvizsgáló bizottságokat állítottak fel, 1859-ben pedig új, egységes állategészségügyi hatósági eljárást vezettek be. Az orvosképzésen belül elkülönített állatorvosi képzésre külön tanszéket szerveztek.
A kerületek egészségügyi hivatalai szakvéleményezést a pesti orvosi kartól kérhettek, a Budán működő helytartóság viszont ilyen kérdésekben igénybe vehette a Budapesti Királyi Orvosegyesületet. E kerület új egészségügyi igazgatási rendszerének kiépítésében elévülhetetlen érdemeket szerzett Tormay Károly főorvos, a magyar szabadságharc egészségügyi igazgatásának kiemelkedő egyénisége és szervezője. 1851-ben szabályozták az orvosi gyakorlat területeit, szigorúan léptek fel a kuruzslók és a kétes képesítésűek ellen. 1853-ban bevezették az új orvosi díjszabályzatot, amelynek kidolgozásában már részt vett Balassa János és Lumniczer Sándor is. Még ebben az évben bevezették a gyógyszerészeti ügyrendet, a járási orvosokat felhatalmazták törvényszéki orvosi eljárások lefolytatására. 1856-ban egységesen szabályozták a közápolás- és a kórházügyet, szigorúan szétválasztották a betegápolás intézményeit a szegénygondozástól. Bevezették a közkórház fogalmát, a kórházi gazdaság rendszeres ellenőrzését, az egységes ügyintézést, az egész ország területére érvényes ápolási díjakat, amelyekkel kapcsolatban módosításokat csak a központi egészségügyi hatóság végezhetett. Ezzel egyidőben elrendelték az egységes birodalmi kórházi ügyrend alkalmazását. 1856-ban Tormay Károly elnökletével bizottság alakult egy országos kórházépítési program kidolgozására. A kórházügyi szabályzat értelmében minden helyhatóság kórházépítési célra központi alaptól kölcsönt, illetve költségei kiegészítésére állami támogatást kérhetett. A kórházépítési program célul tűzte ki állami kórházak építését. 1859-ben valóban megindult a 400 ágyas pozsonyi állami kórház építkezése, amelynek végső átadása 1863-ban történt meg. 1854-ben elrendelték a vidéki szemkórházak (osztályok) szervezését, ahol az országos szegénygondozási alapból kötelesek voltak a rászorulókat ingyen ellátni.?
Jelentős lépések történtek az elmebetegek ügyében: 1858-ban az állami sorsjátékok jövedelmének felhasználásával megkezdődött egy 200 ágyas nagyszebeni elmegyógyintézet, 1862-ben a budai Lipótmezőn egy állami tébolyda építkezése. E rövid időszakban látványos eredményeket mutatott fel a kórházügy; a szabadságharc előtti néhány száz kórházi férőhely a kiegyezés évéig négyezerre emelkedett. 1854-ben lehetővé tették a gyógyító szerzetes rendek tevékenységét a világi kórházakban.
A kialakított rendszert kevéssé módosította az 1860. évi Októberi Diploma után kialakult helyzet. A tisztségviselőket ismét a helyhatóságok választották, de a Sauer Ignác vezette egészségügyi osztály nem számolta fel a községi és körorvosi rendszert, beépítette a régi igazgatási rendbe, nem változtatott az 1850-es években kiadott rendeleteken, az egészségügyi ellátást fejleszteni óhajtó terveken. Az egész magyar orvosi kar előtt olyan közegészségügyi rendszer megteremtése állt, amelyet az országgyűlés által hozott törvény szabályoz, tehát megtartása mindenki számára kötelező. E tervezetet az országos előkészítő bizottság 1866. június 24-én nyújtotta be a parlamentnek, de megvitatására csak a kiegyezés után került sor. Kidolgozásában rendkívül fontos szerepet játszott a pesti orvosi iskola néven ismert, Balassa János köré tömörülő csoportosulás.?
