A pesti évek
A fejlődő magyar fővárosban Czermak otthonosabban mozgott mint Krakkóban. Talán Pest jobban emlékeztette Prágára vagy divatosabb volt a német szó – ma már nem tudjuk biztosan. Igaz, a pesti tanári kar több neves tagját még medikus korából ismerte Bécsből. Elsősorban Semmelweis Ignáchoz fűzték baráti szálak, de ismerte Balassa Jánost és Markusovszky Lajost is, a kibontakozó pesti orvosi iskola vezetőit.
A pesti egyetemen is mindent elölről kellett kezdeni. Czermak tanszéki elődjének, Schordannak minden erőfeszítése ellenére sem sikerült a hallgatókkal megkedveltetni az élettant, sőt az intézet átszervezésével kapcsolatos erőfeszítései is kudarcba fulladtak. Pesten először intézetet kellett teremteni: ismét nagyobb összegű segélyt kért, majd új helyiségekben megteremti az élettani kutatás és oktatás műhelyét. Igen rövid idő alatt a magyar egyetem fiziológiai oktatását és kutatását európai színvonalra emelte.? Már 1858. november 3-án megnyitja új pesti intézetét és megtartja székfoglaló előadását az élettani kutatás fontosságáról.
Pesti működése valóban új fejezet a magyar egyetem élettani oktatásában. Elsősorban a légzés, a vizeletkiválasztás, az ideg-, az izomműködés és az emésztés folyamata, a vérkeringés és a vérnyomás kérdései foglalkoztatták. Vizsgálatai a mikroszkópos és a vegytani kutatáson alapultak. A vérkeringés és a vérnyomás műszeres vizsgálata felkeltette a pesti gyakorló orvosok figyelmét, és kérésükre egyetemi előadássorozatát megismételte – 1859 tavaszán – az Orvosegyesületben.?
Népszerűsége mégsem egyértelmű. Az egyetemi ifjúság Pesten is elhanyagolja német nyelvű előadásait, sőt az orvostanári karban is kisebbségbe szorult. A Helytartótanács viszont örömmel üdvözölte, hogy a „rebellis” magyarokkal szemben a német nyelv jogait védte, viszont a „bomba” az anatómiai tanszék átszervezésére kiírt pályázaton robbant. Az egyetem vezetősége Balassa Jánost és Czermakot bízta meg a tervezet elkészítésével, amit – rokonszenvük ellenére – külön-külön nyújtottak be. Balassa minden körülmények között ragaszkodott a magyar nyelv használatához és indokul azt hozta fel, hogy a hallgatók kétharmada magyar, aki négy-ötévi tanulás után sem tud tökéletesen németül. Ezzel szemben Czermak azzal érvelt, hogy legalább kénytelenek lesznek tökéletesen elsajátítani az orvostudomány nemzetközi nyelvét. Ezzel szemben hajlandó volt kompromisszumra: javasolta, hogy a tanszék élére kiszemelt tanár – saját költségén – olyan asszisztenst alkalmazzon, aki tud magyarul és alkalmanként tolmácsol az előadásokon, míg a tanárt kötelezzék a magyar nyelv elsajátítására. A vita lényegét az előadás nyelve képezte és nem – mint később többen állították – a kinevezendő tanár nyelvtudása. Ebben a vitában Czermak alulmaradt, mivel az orvostanári kar joggal nem tűrte a kompromisszumos megoldást.?
Balassa és Czermak nyelvi vitája még nem volt ok arra, hogy a kiváló cseh tudós távozzon a pesti egyetemről. Balassa majdnem minden Czermak előadáson jelen volt, nagyra értékelte felkészültségét, tanári képességét és azt, hogy nélküle nem lehetett volna kimozdítani a magyar élettan oktatását a holtpontról. Hasonló véleményt alkotott róla a pesti orvosi iskola többi kiválósága is, valamint a hatásuk alatt álló budapesti Kir. Orvosegyesület. Markusovszky, Hirschler és Semmelweis ajánlására az egyesület 1858. október 14-én kooptálta tagjai közé Czermakot,? aki nem sokkal később első egyesületi előadását éppen a gégetükrözésről tartotta, majd az elméleti ismertetés után bemutatta annak új fényreflektálásos alkalmazását.? Két héttel később a Teichmann-féle vérjegecesedést ismertette. Ez az eljárás éppen ebben az időben honosodott meg Európában.?
Czermak az egyesület majdnem minden tudományos előadásán megjelent, hozzászólásaiban az éppen tárgyalt problémát az élettan oldaláról világította meg. Újabb egyesületi előadását 1859. március 15-én tartotta, amikor is egy operált gyomorsipolyos kutyát mutatott be és az emésztés élettani vonatkozásait tárgyalta.? Ugyanebben a hónapban megismételte a pesti és a budai orvosok előtt a vérkeringésről és a vérnyomásról, annak méréséről tartott egyetemi előadását.?
A német nyelv használata körüli vita nem érintette közvetlenül az Orvosegyesületet, hiszen ott az alapszabály is kimondta a magyar és a német nyelv szabad előadási gyakorlatát. Itt, a kétnyelvű tudományos társaságban otthon érezte magát, sőt biztatást is kapott a magyar orvosi közélet nagyjaitól találmányának tökéletesítésére és népszerűsítésére.?
