Ismét Prágában
Czermak – európai körútjáról visszatérve – Pesten újból az egyetem nyelvi vitájával foglalkozott. A Habsburg-birodalom átszervezését célzó februári pátens után az Orvosi Hetilap hasábjain (1860 júniusában) 141 orvos- és sebészhallgató levelét tették közzé, amelyben magyar nyelvű tankönyvek kiadása mellett az oktatás anyanyelvűvé való nyilvánítását követelték. A lap szerkesztősége támogatásáról biztosította a levélírókat és a következőket fűzte a levélhez:
„…A nemzet Európa művelt nemzetei között csak úgy foghat megfelelő feladatának s csak úgy róhatja le az emberiség iránti tartozását, ha a gondviselés adta adományok hű és erélyes kifejezése által saját nyelvén, saját módján, saját jelleme és egyénisége szerint járul a közös civilizáció nagyszerű eszméje megvalósításához…”?
Czermak és a többi nem magyar tanár távozását követelték és ő csak ekkor értette meg, hogy a magyar nyelv végleg bevonult az egyetemi oktatásba és a tudományos életbe, személye és az általa képviselt álláspont a magyaroknál csak gyűlöletet vált ki. Mégis meglepetésnek számított, amikor 1860. július 13-án lemondott állásáról és távozását igen rövid időben szabta meg.? A pesti orvosi iskola nagyjai szerették volna, ha Czermak megváltoztatja elhatározását és magántanárként maradt volna Pesten. Sokan úgy gondolták, hogy nem tud elszakadni Pesttől, erősebbek a baráti szálak és a maga teremtette intézetéhez fűződő ragaszkodása.
Az orvosi közvélemény egyik része ragaszkodott távozásához, még ha azzal nagytehetségű szakembert veszít is el az egyetem. Balassa, Markusovszky, Korányi és baráti köre védelmére kelt és a szakmai érdeket fontosabbnak tartották, mint a nyelvi kérdést. Véleményüket nyilvánosan is kifejtették, ami éles ellenállást váltott ki Poór Imre, Bugát Pál, Flór Ferenc és mások körében.? A generációs ellentétek, az egyetem belső és külső (gyakorlóorvosok) kara közötti ellenségeskedések csak motiválták a két tábor küzdelmét. Czermak személye csupán okot szolgáltatott a két tábor úgyis feszült kapcsolatában, ami a modern és a konzervatív felfogás ellentéte is volt.?
Czermak a személye körül kirobbant vitában nem vett részt, csak ragaszkodott távozásához. Elutazása előtt az Orvosegyesületnek adományozta értékes pesti szakkönyvtárát,? valamint a gégetükrözés modelljét, ami most a Semmelweis Orvostörténeti Múzeum tulajdona.?
Keserűen tért vissza szülővárosába, ahol újabb csalódások érték. A nemzeti érzésű cseh tanárok ellenségesen fogadták a „németbarát” Czermakot, míg a német kollégák is ellenezték kinevezését, mivel személyében a csehországi németekkel szemben fellépő udvar emberét látták. Először magánlaboratóriumot alapított és egész energiáját a rinoscopiának szentelte. Csak Purkyneval tartott kapcsolatot, akinek tanácsára elfogadta a jénai egyetem meghívását.? Négy évig élettant adott elő Jénában, majd 1869-ben átvette a lipcsei egyetem élettani intézetét. A két német egyetemen is átszervezte az élettan oktatását. Talán a megerőltetés is siettette korai halálát, hiszen 1873. szeptember 16-án meghalt.
Utolsó évtizedében Pesttel már alig tartott kapcsolatot. Még 1866 őszén személyesen megjelent az Orvosegyesület egyik ülésén,? de egyre ritkábban váltott levelet egykori kollégáival. Ennek tulajdonítható, hogy halála után egy hónappal az Orvosegyesület ülésén (1873. október 14-én) Balogh Kálmán, egykori tanítványa, jelentette be halálát és emlékezett meg az „elfelejtett” mesterről.?
Jan Nepomuk Czermak elévülhetetlen érdemeket szerzett a gégetükrözés addig ismert módszereinek összegezése és tökéletesítése területén. Megoldotta a mesterséges fény felhasználásának kérdését. Nemcsak tökéletes eszközt szerkesztett, hanem felismerte a laryngoscopia klinikai jelentőségét és gyógyászati alkalmazását.
