Az egyetem Pestre helyezése (1784)
Az egyetem Budára helyezése alapos megfontolás és körülményes előkészítő munka után és globálisan értékelve, nemcsak az orvosi kar szempontjából, szerencsésen ment végbe. Annál drámaibbnak tűnik a Pestre helyezés; az uralkodó kevéssel előtte tett intézkedései (kórház felállításának elrendelése a Várban stb.) ezt sejteni sem engedték. Itt az áttelepítés indoka sem az egyetem érdeke volt, hanem 1783-ban az országos kormányszékek áthelyezése Pozsonyból (Helytartótanács, udvari kamara, királyi kúria) az egyetem elhelyezését vonta maga után. Az áthelyezésnek kétségtelenül voltak előnyei: a hegy miatt Buda nehezebben volt megközelíthető, Pest fejlődése nagyot lendült, épült a Lipótváros, az egyetem is növelte a városfejlesztő kedvet, bár a város vezetősége sokszor kitért az egyetem méltányos kérései elől, de ugyanakkor féltették az ifjúság erkölcseit a nagyváros káros hatásaitól, s újra felmerült az egyetem Pestről való elhelyezésének gondolata. Ebben a kérdésben végső döntést csak 1802-ben hozta meg I. Ferenc, aki nem az egyetem továbbhelyezését látta indokoltnak, hanem az ifjúság erkölcseinek megjavítását és rendeletileg tiltotta el az egyetemi hallgatókat a színház- és tánctermek látogatásától.
A költözés az orvosi kar szempontjából nehéz helyzetet teremtett. Egyik hátránya volt, hogy a protomedikusi hivatal,? mely tk. az orvosi karon belül működött, Budán maradt. Nem költözhetett a kar végleges helyére. Az 1784/85. tanévet a célra nem alkalmas pálos kolostorban töltötték. Ez alatt folyt a kar otthonául kijelölt volt jezsuita ház (Újvilág és Hatvani u. sarkán; ma: Semmelweis és Kossuth L. u. sarok) átalakítása. A gyakorlati órákat a városi kórházban tartották 1780-ig, majd az Újvilág utcai épületben rendeztek be két kórtermet 16 beteg részére összezsúfolt helyen. Ez a volt jezsuita kolostor kétemeletes épület volt, itt helyezték el az egész orvosi fakultást, a dékáni hivatalt, az intézeteket, múzeumokat, a kémiai laboratóriumot, bonctermet, konyhát, előadótermeket. A legjobb helyet a természetrajzi gyűjtemény kapta, a kórtermek a II. emeleten szűk, szellőztethetetlen szobákban kerültek berendezésre, ahová a kémiai laboratórium szaga is behatolt. A földszinten állandó lárma zavarta az előadásokat. Az átfoltozott épület eleve nem volt alkalmas (kis szerzetesi cellák sora) az orvosi kar céljaira, és a további nagyobb arányú fejlesztés is már eleve ki volt itt zárva. A felszerelés sem volt kielégítő. Mind az elméleti, mind a gyakorlati szakok silányul voltak ellátva. 36 helyiség volt összesen az épületben, ezek közül is csak 18-nak volt két ablaka, a többi egyablakos volt. Tetem alig volt, amelyen a bonctant tanítani lehetett volna. Kevés volt a demonstrálandó beteg is.
A botanikus kertet a mai Szép utca környékén, a Ferenciek zárdájának kertjében helyezték el. Az állatgyógyintézet többször költözött; előbb Pesten a józsefvárosi Skopetz-majorban, majd a közelben levő Tavasz utcai Hülff-házban helyezik el; 1795-ben kerül a Rókus-kápolna melletti Krenedics-házba.
